Kanal İstanbul projesi Boğaz rejimini belirleyen Montrö Boğazlar Sözleşmesinin geleceğine ilişkin siyasi, hukuki ve askeri riskleri beraberinde gündeme getirecek bir girişim olarak görülmektedir. Proje, hayata geçirildiği takdirde sözleşmeyi orta ve uzun vadede etkileyerek değişikliklere sebep olabilir. İlerleyen zamanlarda Karadeniz’deki siyasi dengeleri etkileme ihtimalinden dolayı Türkiye’nin elde ettiği siyasi ve hukuki kazanımlarının sürekliliğini etkileyerek güç dengelerinin radikal bir şekilde etkilenmesine, istikrarsızlığa ve diplomatik gerilime sebebiyet verebilir.

Karadeniz’e kıyısı bulunan ülkelerin gemileri halihazırda Montrö Sözleşmesi’nin tanıdığı hakla İstanbul Boğazı’ndan bedel ödemeden ve serbestçe geçiş yapabilmektedir. Gemilerin Boğaz kullanımı yerine Kanal’a yönlendirilmesi, sözleşmenin Türkiye’ye tanıdığı özel yetkileri de tartışmaya açılacaktır.

Tamamlandığı takdirde Kanal İstanbul’un Türkiye’ye gelir getiren bir proje  haline dönüşmesi için, yabancı gemilerin Boğazlardan geçişini sınırlandıracak yaptırımlara ihtiyaç duyulacaktır. Bu yaptırımların hayata geçmesi, Montrö’ye taraf Devletlerin Sözleşmede tadilat yapılması yönünde kritik bir çoğunluk elde etmelerinin yolunu açacaktır. Başka bir deyişle Kanal İstanbul ısrarı Türk Boğazları gibi ulusal güvenliğimiz açısından kritik öneme sahip bir alanda, Türkiye’yi diplomatik bir yalnızlığa sürükleme riski oluşturmaktadır.